转基因技术指的是将一个基因片断从一种生物体中分离出来，通过修饰后导入到另一种生物体的基因组中，从而改造了生物体，使该生物体具有了人类想要的某种特性。比如转Bt基因水稻，指的是将苏云金芽孢杆菌（Bacillus thuringiensis）中的基因经人工合成后，插入到水稻自身的DNA中，使得水稻可以自己产生毒素杀死害虫。

杂交是自然界本生会发生的，人类的育种加速了杂交的过程，但并没有从根本上创造出新的物种。而转基因生物是实验室中创造出来的生命，在过去亿万年来从未在地球出现过，将来亦不可能通过自然进化的过程出现。

转基因技术并不是一个精确的技术，在转基因的过程中，可能出现基因片段丢失，插入位置不准确，插入多个拷贝等现象，同时由于转基因技术的非预期效应，都会给食品安全带来风险和不确定性。

虽然许多转基因科研人员强调转基因技术的潜能，但到目前为止，市场上并没有一个转基因水稻品种能直接提高水稻产量。产量的提高需要多种技术手段的配合，通过转入一个具体的基因并无法达到这个目的。而传统的育种手段，比如杂交被证明能更好的提高产量。实际上，我国甚至全球范围内并没有粮食短缺，而是分配不均导致了部分地区的饥荒。

转基因技术作为一项技术本身，并无好坏之分，人类需要通过研究这个技术，更好的了解基因以及转基因的非预期效应。目前关于转基因讨论的重点在于不应该在无法清楚的了解非预期效应的情况下，将转基因食品放上餐桌，也不应该在不清楚转基因作物会对环境有何影响的情况下，将转基因作物释放到自然环境中。转基因技术应该在封闭的情况下被研究，被应用。

转基因技术特有的非预期反应导致转基因食品的食品安全不确定性，而许多食品安全问题需要长时间的研究才能明白。关于转基因食品的安全性，全球范围内并无定论。普通消费者其实可以选择很多不同的食品，为什么要冒风险而选择转基因食品呢？

澳大利亚联邦科学与工业研究组织（CSIRO）发表的一篇研究报告显示，一项持续4个星期的实验表明，被喂食了转基因豌豆的小白鼠的肺部产生了炎症，小白鼠发生过敏反应，并对其它过敏原更加敏感。（Prescott, V.E., Campbell, P.M., Moore, A., Mattes, J., Rothenberg, M.E., Foster, P.S., Higgins, T.J.V. & Hogan, S.P. 2005. Transgenic expression of bean alpha-amylase inhibitor in peas results in altered structure and immunogenicity. Journal of Agricultural and Food Chemistry 53: 9023-9030）

意大利国家食品与营养研究所的科学家发现食用转基因玉米后小白鼠的免疫系统出现异常。（ALBERTO FINAMORE；MARIANNA ROSELLI；SERENA BRITTI，GIOVANNI MONASTRA, ROBERTO AMBRA, AIDA TURRINI, AND ELENA MENGHERI, 2008. Intestinal and Peripheral Immune Response to MON810 Maize Ingestion in Weaning and Old Mice. J. Agric. Food Chem., 56(23): 11533–11539）法国科学家Seralini教授与其团队检查了孟山都公司为了获得欧盟上市批文所做的安全测试数据，发现喂养了MON863转基因玉米的实验鼠肝和肾有毒性反应。（Séralini, G-E, Cellier, D. & Spiroux de Vendomois, J. 2007. New analysis of a rat feeding study with a genetically modified maize reveals signs of hepatorenal toxicity. Archives of Environmental Contamination and Toxicology DOI: 10.1007/s00244-006-0149-5）

婴儿是高风险群：英国皇家学会（英国最权威的科学家协会）的报告认为，由于婴儿比成人更容易对食品敏感，而且必须长期进食某种食品，令婴儿成为食品安全的高风险群，所以含有转基因成份的婴儿食品“应该接受最严格的审查”。（英国皇家学会 (2002) “食用转基因植物与人类健康报告”（Genetically modified plants for food use and human health – an update. Policy document4/02. February 2002 http://www.royalsoc.ac.uk ）

世界上并没有其它国家批注该国家人民的主粮为转基因，主要的担忧来自于主粮的重要性。主粮的食品安全性尤为重要。而像水稻这样的主粮还是一个国家的历史、文化象征等。

在自然条件下,栽培作物种内、栽培作物与其近缘野生种间、栽培作物和杂草之间都有可能发生基因漂移，可能会污染野生品种。

由于导入新的外源基因，转基因作物获得或增强了生存竞争和繁殖能力，使其在生长势、越冬性、耐受性、种子产量等方面，都强于亲本或野生种，将会迅速地成为新的优势种群,进而可能演变成农田超级杂草。多年来，在美国种植的抗草甘膦（Roundup Ready）转基因作物都大量的使用除草剂，从而导致杂草对这些化学除草剂的抗性日益增强。这些迅速蔓延的问题表明，高度依赖抗除草剂转基因作物的发展并不是长久之计，结果导致杂草的控制更加困难。

几乎所有的田间作物都不只面对一种害虫，而是有很多种害虫威胁着他们。转基因作物并不具备多种性状来应对不断变化的虫害威胁，亦无法抵抗广泛的各种各样的敌人。例如， Bt转基因棉花，它可以杀死棉铃虫，却无法应对诸如棉盲蝽这样的害虫。次生害虫的增加不可避免地带来持续大量的农药投入，并且使用的农药将越来越多。而且转基因作物，比如转基因棉花更容易受到病害（如枯萎病，红叶茎枯病和黄萎病）的侵袭。

转基因抗虫作物的抗虫基因不仅直接作用于目标害虫，对非目标昆虫也可能直接或间接地产生伤害，进而对生物多样性产生影响。害虫的天敌在降低虫害方面扮演着重要角色，天敌数量减少必将导致虫害爆发频率增加，包括次生害虫引发的虫害，使得农业系统更加依赖于大量的农药，加剧了农业系统的不可持续性。

已有研究表明，高温使得Bt转基因棉花未能有效的控制棉铃虫。转基因棉花因高温的影响产生的Bt毒素只有正常水平的30-63％，使得它们不能抵抗棉铃虫。对照植物没有暴露在高温环境中的，未出现这样的问题。研究者在第二年进行了重复实验，得到了类似的实验结果(Chen D., Ye, G., Yang, C., Chen, Y. & Wu, Y. 2005. The effect of high temperature on the insecticidal properties of Bt cotton. Environmental and Experimental Botany 53: 333–342)。而早在1998年的美国，人民就已经发现抗草甘膦转基因大豆，在炎热的气候条件下，表现远远不及传统非转基因大豆品种（Gertz, JM, Vencill WK, and Hill NS (1999): Tolerance of transgenic soybean (Glycine max) to heat stress. British Crop Protection Conference, 15-18 November. 1999 Weeds, Proceedings of an International Conference, Brighton 3: 835-840. Vencill WK (1999): Increased susceptibility of glyphosate-resistant soybean to stress (abstract). British Crop protection Council 8 eds. The Brighton Conference-Weeds. Coghlan, A. (1999) Splitting headache. Monsanto’s modified soya beans are cracking up in the heat. New Scientist, 20 Nov. 1999, p. 25）。科研人员还不确定为什么会出现类似情况，这再次表明了转基因作物的非预期效应还没有被完全认知。

生产成本的增加，在于种子、农药和化肥三部分。转基因棉花种子的价格比非转基因棉花种子高出5倍以上。农药的使用，并没有因为转基因棉花的种植而减少，反之，为了控制爆发的次生害虫问题，必须维持大量的农药使用。并且，由于转基因棉花没有显着的提高产量，棉农依旧大量使用化肥来确保棉花的产出。总的来说，转基因棉花没有让生产成本减少，反而大大增加了种植棉花的成本，让棉农更加入不敷出。

虽然许多转基因科研人员强调转基因技术的潜能，但到目前为止，市场上并没有一个转基因水稻品种能直接提高水稻产量。目前市场上转基因作物的性状主要是抗虫和抗除草剂。

数据指出种植转基因作物并不能减少农药的使用，比如阿根廷转基因大豆施加的草甘膦的总量从1998年到2004年增加了56倍（Benbrook, C. M. （2005） Rust, Resistance, Run Down Soils, and Rising Costs – Problems Facing Soybean Producers in Argentina. Ag BioTech InfoNet. Technical Paper Number 8: p.1-51 http://www.greenpeace.org/raw/content/international/press/reports/rust-resistence-run-down-soi.pdf），美国Organic Center 研究指出，种转基因作物之后，1996年到2008年美国农药使用量增加14.4424万吨（Charles Benbrook, 2009. Impacts of Genetically Engineered Crops on Pesticide Use: The First Thirteen Years, The Organic Center）。中国江苏种转基因的棉农高峰期3天打一次农药，成本增加了2倍（新华日报，2009年9月22日http://js.xhby.net/system/2009/09/22/010591472.shtml）。

绿色和平和第三世界网络的调查发现，我国发展较为成熟的8种转基因水稻不同程度的涉及国外专利。专利持有人包括国际生物技术公司，粮食安全和粮食主权令人担忧（绿色和平与第三世界网络，2009. 谁是中国转基因水稻的真正主人）。此外，很多情况下，种子公司为了提高自己的利润，往往在市场上只提供转基因种子，导致农民没有其它选择，比如在哥伦比亚，由于当地市场只有转基因棉花的种子，即使是转基因棉花减产棉农也无法选择。

普通消费者现在已经注意到转基因食品的潜在危害，开始选择标注为非转基因的食品，比如一些超市中将非转基因食品的标识放在显著位置，供消费者选择；一些高规格的活动，比如上海世博会，也拒绝转基因食品入场。（科技部《世博科技专项行动》http://www.most.gov.cn/ztzl/lhzt/lhzt2010/tpxwlhzt2010/201003/t20100302_76059.htm）

世界卫生组织（WHO）和联合国世界粮农组织（FAO）食品法典委员会（Codex Alimentarius）的指导明确指出转基因食品导致的非预期影响是对食品安全的风险 （Codex Alimentarius Guideline for the conduct of food safety assessment of foods derived from recombinant-DNA plants CAC/GL 45-2003, ftp://ftp.fao.org/es/esn/food/guide_plants_en.pdf）。

2005年11月27日，瑞士通过了一项 5年内禁止商业化种植转基因作物和商业化使用转基因动物的禁令。此禁令是公民投票的结果。2008年5月，联邦执行委员会Federal Council (executive)向瑞士议会提出延长禁止转基因作物的禁令到2013年11月27日，瑞士议会在2010年3月9日批准 了此延长禁令的提案。

印度的基因工程审查委员会，于2009年审议并推荐印度政府部门批准Bt转基因茄子的环境释放（商业化种植）。同日在官方网站公开审议结果，并且鼓励公众提交评议，征询包括科学家、农业专家、农民团体、消费者团体和NGO组织。委员会表明，只有符合公众和国家利益的前提下，听取各利益相关方的意见之后才做最后决议。鉴于诸多的反对意见，印度环境与林业部部长于2010年出决定：基于谨慎和预先防范原则，暂停Bt转基因茄子的商业化种植，直至独立的科学研究得出令公众和科学家满意的结果，包括对人类健康和环境的长远影响的考虑。